目前，燕窝最常见的烹调方法有炖(放入炖锅内隔水炖制)、红烧、炒、干捞4种。根据菜肴烹调方法的不同，需要进行不同处理。
一、隔水炖
将泡发处理好的燕窝放入汤内用文火慢慢炖烂，炖燕窝是采用不含氯成分的纯净水来炖煮，蒸馏水和矿泉水均可以。炖燕窝的时间也和燕窝的种类和质量密切相关，一般来说，洞燕文火慢炖1~2小时，白燕文火慢炖0.5~1小时，燕丝文火慢炖30分钟，燕条文火慢炖1小时，燕饼文火慢炖1~2小时。切记不能使用大火，否则高温会造成燕窝溶化。
如果是燕碎或者燕条，经过温水冲洗后，直接放入容器内，浇上熬好的糖水即可上桌，不能进行加热，否则上桌后就是一团“浆糊”。
此外，吃燕窝不要追求其他重口味，不要与性味相冲的食物一起烹煮或同时食用。《随园食单》中提到:“此物清，不可以油腻杂之；此物文，不可以武物串之”，“以柔配柔，以清配清”，即一般食用燕窝期间少吃辛辣油腻食物，不抽或少抽烟，否则就会使燕窝的功效难以发挥，其营养不能很好被人体吸收利用。
二、红烧和炒
温水冲洗后，将燕窝放入沙锅(铁锅不可以)内，倒入90℃的开水。如果是嫩的燕窝，则继续小火加热2~3分钟即可捞出来烹调；如果是老的燕窝，则继续小火加热4~5分钟才能捞出来烹调。这种吃法没有意义，故不建议这么吃。
三、干捞
采用这种方法加工的菜肴，一般都选择燕碎或者燕条，所以温水冲过后即可使用。